Ülkemizin nitelikli yüksek öğretim kurumlarına olan gereksinimi, 1980 yılından beri sağlık alanında çağdaş düzeyde hizmet veren Türkiye Organ Naklı ve Yanık Tedavi Vakfı'nın deneyim ve birikimleriyle birlikte mevcut tesislerinin üniversiter bir yapıya dönüştürülmesi kararını oluşturmuştur. 1993 yılı ortalarında Haberal Eğitim Vakfı ile birlikte kurulması kararlaştırılan BAŞKENT ÜNİVERSİTESİ'nin kuruluş işlemleri başlatılıp kısa sürede tamamlanmıştır.

Üniversitemiz 13 Ocak 1994 tarihinde 3961 sayılı kanunla kurulmuştur. Üniversitemizin eğitim dili Türkçedir; ancak, akademik ve mesleki İngilizce dersleri ile yoğun İngilizce eğitimine ağırlık verilmektedir